O conselho gestor é a instância central da Repep. É autônomo, soberano e delibera sobre todas as questões referentes a rede. As decisões são horizontais e estabelecidas por meio de votação. Não há hierarquia ou coordenação. A liderança é alternada e exercida pontualmente, de acordo com o surgimento de demandas.
As reuniões são divididas em "gerais" e abertas. As reuniões gerais são as reuniões deliberativas do conselho gestor e ocorrem 1 vez ao mês, com pauta pré-estabelecida e divulgada entre os membros. A cada reunião, pode haver mais de um mediador, escolhido de acordo com a pauta estabelecida. Bimestralmente ou em caráter extraordinário, conforme o surgimento de novas demandas, ocorrem as reuniões abertas a interessados.
O conselho gestor possui função deliberativa sobre todas as questões referentes à rede. Como uma instância central, é responsável pela organização geral da rede, como a criação dos Núcleos Temáticos e Grupos de Trabalho, ambos atuando de maneira integrada e subordinada ao conselho gestor.