Os Grupos de Trabalho funcionam de maneira autônoma e segundo as demandas da rede, tendo reuniões independentes e compartilhando suas atividades nas reuniões do Conselho para apreciação de todos.
Ao longo de suas atividades a Repep contou com Grupos de Trabalho que produziram ações, tais como:
- GT Minhocão: Inventário Participativo Minhocão contra gentrificação, em parceria com Movimento Baixo Centro (2015-2019).
- GT Patrimônio LGBTQIAPN+: Inventário Participativo do Largo do Arouche Lgbtqia+, em parceria com Coletivo Arouchianos e com recursos do Edital da USP Inclusão e Diversidade (2021-2023)
- GT São Luis do Paraitinga: realizou oficina sobre material didático em educação patrimonial, em parceria com a Casa do Patrimônio do Vale do Paraíba (2015).
- GT Brasilândia-Ó: realizou a proposta de alteração da área envoltória do tombamento do Núcleo da Freguesia do Ó, encaminhado ao Conpresp.
No momento a Repep desenvolve as seguintes ações em seus GTs:
- GT Perus: finalização do Inventário Participativo do TICP Perus-Anhanguera-Jaraguá, em parceria com o Movimento pela Fábrica de Perus.
- GT Patrimônio Lgbtqiapn+: realização do Inventário Participativo das Territorialidades Lcgtqia+ no município de São Paulo, em parceria com Instituto Pólis e com recursos de emenda parlamentar. O GT também participa da equipe de organização do Seminário Lugares de Memória LGBTQIAPN+, iniciativa do Museu Paulista, Museu da Diversidade Sexual, UFRJ, IEB USP, CPC USP, que ocorrerá em setembro de 2023.